Durch die Verfolgungen gingen aus der Koptischen Kirche eine große Zahl von Märtyrern hervor. Deshalb wird die koptische Kirche auch Mutterkirche der Märtyrer bezeichnet. Wir können die Märtyrerzeit, die schon mit dem Apostel Markus begann, in drei Epochen einteilen, die sich abhängig vom jeweiligen Herrscher in der Art der Verfolgung unterscheiden:
- Die heidnisch-römische Verfolgungszeit (seit der Missionierung durch den Apostel Markus 61 n.Chr. bis zur Zeit des Emperators Kontstantin 313 n.Chr.)
- Die Zeit nach der Spaltung der Ost von der Westkirche (seit 451 n.Chr.)
- Die Zeit unter den islamischen Regenten (seit 641 n.Chr.)
Der Mut der ägyptischen Christen und ihre aufrichtige Sehnsucht, die Krone des Martyriums zu erlangen, verwirrte die Verfolger derart, dass zum Beispiel Kaiser Diokletian nach Alexandrien kam, um die Verfolgung selber durchzuführen.
Zu den bekannten Märtyrer zählen der Apostel Markus, St. Mena, St. Georg, St. Makarius, die Heilige Damiana, die Heilige Katharina, der heilige Märtyrer Salib, die 8000 heiligen Märtyrer zu Achmin, St. Moritz und viele andere.
Das Märtyrerbuch Synexarium erzählt jeden Tag über das leben und den Tod eines heiligen Märtyrers. Dieses wird jeden Sonntag in der Kirche verlesen.